Příběh titulu Batman Arkham City se odehrává asi rok po událostech prvního dílu. Bývalý dozorce z Arkhamského blázince Quincy Sharp získal uznání za zastavení Jokera a chytře použil svou proslulost, aby se stal starostou Gotham City. Jako první muž Gothamu rozjel svůj tajný plán, na který jste v jeho kanceláři mohli narazit už v jedničce. Ani Arkham, ani Blackgate věznice nedokáží udržet ty nejnebezpečnější vězně. Proto Sharp koupí velkou část chudinských čtvrtí v Gothamu, obežene je zdí, na ně posadí bataliony cvičených vojáků a stvoří tam doslova peklo na zemi - Arkham City. Téměř okamžitě tam jsou posíláni nebezpeční zločinci a je jim slíbena relativní volnost, pokud se nebudou pokoušet uniknout. Pověřen dohledem nad tímto místem zla je psychiatr Hugo Strange, který je však sám případ pro psychiatra a má zřejmě s Arkham City své plány. Co se stane, pokud svezete všechny úhlavní nepřátele Batmana na jedno místo a dáte jim volnost? Náš hrdina se dostává na scénu ve chvíli, kdy se Two-Face snaži získat postavení mezi zločinci. Udělá z CatWomen návnadu, aby přílákal netopýra. Pro dobro kočičí ženy i celého Gotham City, se Batman rozhodne proti projektu Arkham City zasáhnout. (Přidal: Xzone)