Žánrově je hra spíš RPG než akcí, přesně jako byl první díl Deus Ex, k jehož odkazu se vývojáři snaží být loajální. Hratelnost je tedy opět postavena na činění rozhodnutí, která mají následky, a možnosti výběru z různých cest a různých řešení v nelineárním prostoru. RPG i proto, že se dá přizpůsobit postavu k obrazu svému, stejně jako zbraně. Dění budete sledovat povětšinou z vlastních očí, jen občas se kamera automaticky přepne do third-person pohledu - to ve chvíli, kdy budete vykonávat určité činnosti, jako třeba krytí se, nebo když zkrátka bude vhodné, abyste viděli vaši postavu něco provádět. Svobodně přepínat mezi first-person a third-person ale nepůjde. Hackování tvoří pilíř hry a Eidos odmítá nazývat ho pouze mini-hrou. za souběžného hlídání si dalších věcí. Průběh hackování jinak můžete ovlivnit, když budete vybaveni těmi pravými augmentacemi, pokud se tedy rozhodnete pro tento směr vývoje vaší postavy.