BlackSite: Area 51 je FPS s týmovými prvky, která se odehrává v době, kdy se rozhoduje o dalším směřování vývoje lidské civilizace. Hráč bude, v roli velitele speciálního týmu, odpovědný za chování svých spolubojovníků, kterým bude nejenom zadávat příkazy, ale bude pro ně zároveň i vzorem. Právě na jeho rozhodnutích bude záležet další vývoj situace a často to nebudou rozhodnutí lehká. Bude se muset rozhodnout, zdali bude přesně plnit rozkazy, nebo bude jednat na základě svých morálních hodnot a vlastních etických standardů. V rámci jednotlačítkového příkazového systému bude hráč svůj tým komandovat v řadě situací, mezi nimiž nebude chybět obklíčení nepřítele, položení trhaviny, využití krycích bodů, ostraha budovy a tak dále. Členové týmu budou plnit příkazy co nejpřesněji a nebudou je zpochybňovat, což však na bedra hráče klade další důležitý úkol. Musí se rozhodovat rychle a přesně. Několik špatných rozhodnutí, či zaváhání totiž může vážně narušit morálku spolubojovníků a samozřejmě i jejich bojové schopnosti včetně výdrže, přesnosti střelby a tak dále. Bojovat se bude nejenom na vlastních nohou, ale i v řadě ovladatelných dopravních a bojových prostředků včetně helikoptéry. Vedle hlavní příběhové kampaně, která je složena z úrovní, jež lze procházet několika různými způsoby, hra nabídne i multiplayer v několika módech. Konkrétně to jsou klasické módy Deathmatch, Team Deathmatch nebo Capture the Flag, ale chybět by neměly ani módy nové, jako například Human vs. Reborn a Siege mód, v němž spolu budou týmy bojovat o teritoria.